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Como en el primer día, Dani Pedrosa dominó la jornada de pruebas de la MotoGP en el circuito malasio, las cuales se limitan a pilotos tester, debutantes y motos de fábrica con concesiones reglamentarias.
En la segunda jornada de ensayos solo para permitidos la categoría reina del motociclismo mundial, (pilotos debutantes, testers y aquellos que defienden marcas sin limitaciones de pruebas, como KTM y Aprilia), el español de KTM volvió a colocarse al frente.
Pedrosa marcó un tiempo de 1m59s841 en la mejor de sus 50 pasadas y aventajó por 131 milésimas a su compañero de equipo Pol Espargaró. Alex Márquez, campeón de Moto2 y quien debutará en la divisional mayor en el equipo oficial Honda, compartiendo estructura con su consagrado hermano Marc, terminó tercero, a 429 de su coterráneo.
Pero la noticia del día fue que Jorge Lorenzo estuvo presente en el paddock, vestido de Yamaha, pero aún no fue parte activa de los test este lunes, por lo que se prevee que montará la M1 este martes, en la tercera y última tanda del shakedown 2020.
Los registros del día 2 del shakedown en Sepang:
| POS. | PILOTO | EQUIPO | TIEMPO |
| 1 | Dani Pedrosa | Red Bull KTM | 1:59.841 |
| 2 | Pol Espargaro | Red Bull KTM | 1:59.972 |
| 3 | Alex Márquez | Repsol Honda Team | 2:00.270 |
| 4 | Miguel Oliveira | Red Bull KTM | 2:00.695 |
| 5 | Michele Pirro | Ducati Team | 2:00.695 |
| 6 | Stefan Bradl | Repsol Honda Team | 2:00.749 |
| 7 | Brad Binder | Red Bull KTM | 2:00.899 |
| 8 | Sylvain Guintoli | Team Suzuki | 2:01.125 |
| 9 | Bradley Smith | Aprilia Racing | 2:01.460 |
| 10 | Iker Lecuona | Red Bull KTM | 2:01.946 |
| 11 | Lorenzo Savadori | Aprilia Racing | 2:03.606 |
Fuente: Campeones
